Obecnie handel akcjami jest opodatkowany. Natomiast w przeszłości zyskami z giełdy nie trzeba było się dzielić z fiskusem. W latach 2001-2003 Polacy płacili już podatek od zysków kapitałowych, ale mogli dalej grać na giełdzie i nie musieli odprowadzać podatku do urzędu skarbowego. Każdy, kto kupił akcje firmy notowanej przed 2004 rokiem teoretycznie mógłby je dziś sprzedać bez konieczności odprowadzania podatku do urzędu skarbowego.

Natomiast toruńskie urzędy skarbowe zinterpretowały przepisy na niekorzyść akcjonariuszy i w związku z tym inwestorzy Apatora powinni zapłacić podatek. Przepisy zwalniały z płacenia podatku sprzedaż akcji dopuszczonych do obrotu publicznego. Natomiast toruńskie urzędu skarbowe twierdzą, że emisja Apatora nie była ofertą publiczną, ponieważ została skierowana jedynie do posiadaczy praw poboru, a nie do wszystkich. Fiskus uważa, że w tej sytuacji nie ma znaczenia to, iż prawa poboru były notowane na giełdzie i każdy mógł je nabyć. 

Niektórzy inwestorzy Apatora zdecydowali się oddać sprawę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy, który uznał, że skoro w przepisach podatkowych nie ma definicji „oferty publicznej” to należy sięgnąć do „Słownika języka polskiego”. Sąd orzekł, że emisja Apatora nie była ofertą publiczną, więc należy zapłacić podatek.

Inwestorzy zamierzają teraz zwrócić się do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Decyzja będzie miała bardzo duże znaczenie ponieważ w latach 2001-2003 kilkanaście spółek giełdowych przeprowadziło emisję akcji z prawem poboru.