Jako koszty uzyskania przychodów uznaje się koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 23 ustawy o PIT. Opłaty za wpisy, opłaty na założenie konta lub koszty wyrobienia pieczątki będą dla przedsiębiorców prowadzących podatkową księgę przychodów i rozchodów (zarówno tych opodatkowanych według skali, jak i 19-proc. podatkiem liniowym) kosztami pośrednimi. Dla nich koszty uzyskania przychodów będą potrącane tylko w roku podatkowym, w którym zostały poniesione.
Za podstawę do rozliczenia poprzez zapis w księdze uznaje się dowody księgowe, takie jak: VAT, w szczególności faktury VAT marża, faktury VAT RR, faktury VAT MP, dokumenty celne, rachunki oraz faktury korygujące i noty korygujące lub w niektórych sytuacjach inne dowody stwierdzające fakt dokonania operacji gospodarczej zgodnie z jej rzeczywistym przebiegiem. W przypadku pieczątki, którą wykonał inny przedsiębiorca będący podatnikiem VAT, dowodem księgowym i podstawą do wpisu w księdze będzie faktura VAT.