W myśl nowych przepisów, faktura, która dokumentuje transakcję niepodlegającą opodatkowaniu, nie może zostać opodatkowana, nawet jeśli wykazana kwota podatku została przez wystawcę faktury uiszczona.

Zmiany w przepisach dotyczą art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.). Nowelizacja wprowadza przepis mówiący, że nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku, gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Jeśli z kolei osoba fizyczna, osoba prawna lub jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej wystawiła fakturę, w której wykazała kwotę podatku, jest zobowiązana do jego zapłaty. To samo tyczy się sytuacji, w której podatnik wystawi fakturę, wykazawszy kwotę podatku wyższą od kwoty podatku należnego.

W związku z powyższym należy wspomnieć, że w przypadku, gdy faktura, mimo zwolnienia transakcji od podatku lub niepodlegania opodatkowaniu, zostaje wystawiona, podatek musi zostać odprowadzony. Wpływa to także na pozbawienie prawa do obniżenia podatku należnego.