Kontrolowany, niezgadzający się z ustaleniami protokołu z kontroli podatkowej, może w ciągu 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić swoje wątpliwości lub wyjaśnienia wraz ze wskazaniem na konkretne wnioski dowodowe. Dowody te nie muszą zostać załączone do wyjaśnień. Wystarczy że z pisma przedstawionego przez kontrolowanego będzie dokładnie wynikać jakie środki dowodowe przedstawia na poparcie swojego zażalenia/wyjaśnień.

W przypadku kontroli podatkowej ważne są zasady liczenia terminów. Jeżeli kontrolowany skorzysta ze swoich praw i złoży wyjaśnienia/zastrzeżenia do protokołu, podmiot kontrolujący zostanie zobowiązany do ich rozpatrzenia i powiadomienia kontrolowanego o proponowanym sposobie ich rozwiązania. Kontrolujący ma na to 14 dni od dnia otrzymania pisma. Kontrolującym w tym przypadku mogą być: pracownik urzędu skarbowego, urzędu gminy, miasta, starostwa, urzędu marszałkowskiego czy celnego. Terminem, od którego liczone będzie 14 dni, nie jest data wpływu pisma do urzędu ani data nadania go przez kontrolowanego.

Według ustawy, momentem zakończenia kontroli podatkowej jest dzień doręczenia jej protokołu podmiotowi kontrolowanemu. Złożenie zastrzeżeń/wyjaśnień i udzielenie odpowiedzi przez kontrolujących, to już czynności pozakontrolne.

Jednak nie zawsze moment zakończenia kontroli jest równoznaczny z zakończeniem czynności procesowych odnoszących się do danego podatnika. Zakończenie kontroli jest równocześnie zakazem podejmowania czynności procesowych w ramach samej kontroli. W zależności jednak od ustaleń przeprowadzonej kontroli, organ podatkowy może podjąć postępowanie procesowe. Pokontrolne postępowanie podatkowe może się rozpocząć w dowolnym momencie po zakończeniu kontroli. Zasadniczo terminem ograniczającym jest jedynie moment przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Organ podatkowy wszczynający postępowanie musi pamiętać o konsekwencjach takiego działania. Przepis odnosi się do odsetek za zwłokę i wyłącza on z naliczania tych odsetek okres od dnia wszczęcia kontroli podatkowej do dnia doręczenia decyzji organu podatkowego pierwszej instancji (jeżeli postępowanie podatkowe nie zostanie wszczęte w terminie 14 dni od dnia zakończenia kontroli podatkowej).

Brak zastrzeżeń/wyjaśnień zgłoszonych przez kontrolowanego to równoczesne pozbawienie się przez niego możłiwości wyjaśnienia sprawy przed wszczęciem postępowania podatkowego. Może on oczywiście składać takie wyjaśnienia w ramach postępowania podatkowego, nie może jednak kwestionować ustaleń wynikających z protokołu.