Firmy, których działalność ma negatywny wpływ na środowisko, są zobowiązane do co półrocznego uiszczania opłat za korzystanie ze środowiska naturalnego. Ci, którzy starają się o dotacje z Unii, deklarują w składanych wnioskach, że nie zalegają z żadnymi należnościami wobec państwa. Tymczasem o opłacie środowiskowej mało kto wie, a co za tym idzie, większość małych i średnich przedsiębiorstw łamie prawo w tym zakresie.

Unia chce przeprowadzić kontrole i cofnąć dotacje w razie wykrycia nieprawidłowości. Dodatkowo takiemu przedsiębiorcy grozi odpowiedzialność karna za złożenie fałszywego oświadczenia.

Na bieżąco z opłatami środowiskowymi są duże firmy. To one są poddawane regularnym kontrolom przez odpowiedzialne jednostki. Okazuje się jednak, że na tym polu działa tylko Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. Pozostałe instytucje, dzielące fundusze unijne, nie sprawdzają stanu rozliczenia z państwem w tej materii. Według wiceministra rozwoju regionalnego, Janusza Mikuły, firmy, które nie prowadzą sprawozdań z emisji zanieczyszczeń oraz naliczania i regulowania opłat środowiskowych w urzędach marszałkowskich, nie otrzymają pieniędzy publicznych. Prawda jednak jest taka, że od dystrybuujących fundusze urzędników urzędów marszałkowskich nikt nie wymaga sprawdzenia tej konkretnej opłaty. Przedsiębiorca musi im wykazać jedynie, że nie zalega z podatkami i składkami na ZUS, pozostałe opłaty ujęte są zbiorczo w oświadczeniu o rozliczeniu z państwem. Według nich za kontrolę odpowiedzialne są wojewódzkie inspektoraty ochrony środowiska. Te jednak, z powodu braków kadrowych, wizytują regularnie duże firmy, a sporadycznie trafiają do konkretnych przedsiębiorców, co do których ktoś zgłosił wątpliwości.

W kontroli opłat środowiskowych szykują się duże zmiany, gdyż Komisja Europejska może wziąć je w swoje ręce. Już dziś przez urzędników z Brukseli penetrowany jest dział transportowy, w którym, według ich opinii, doszło do systemowego naruszenia przepisów prawa zamówień publicznych. Jeśli zainteresują się też sprawą opłat środowiskowych, to za uchybienia w tej kwestii mogą nakazać Polsce zwrot części dotacji. Los taki jest prawdopodobny nawet w przypadku zakończonych już inwestycji. Dodatkowo Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości ostrzega, że w przypadku kontroli projektów finansowanych z programu Innowacyjna Gospodarka zostanie zweryfikowana też jego zgodność z przepisami o ochronie środowiska.