Świadczenia medyczne, tj. wstępne, okresowe i kontrolne badania, które finansuje pracodawca, nie mogą być wliczane do przychodów pracownika. Aby móc zakwalifikować wydatki na świadczenia zdrowotne do kosztów podatkowych, pracodawca musi udowodnić, że był zmuszony je ponieść na mocy przepisów kodeksu pracy lub innej ustawy.

Finansowanie opieki zdrowotnej pracowników niesie za sobą liczne wątpliwości i kontrowersje. Należy przede wszystkim pamiętać, zgodnie z artykułem 229 kodeksu pracy, że pracodawca zobowiązany jest do finansowania trzech rodzajów badań: wstępnych, kontrolnych i okresowych. Źródeł innych zobowiązań pracodawcy, dotyczących ochrony zdrowia pracownika, należy szukać w szczegółowych i oddzielnych aktach normatywnych.

Od 1. stycznia 2007 roku pracodawca ma możliwość uznania za koszt uzyskania przychodów wydatków związanych z finansowaniem opieki zdrowotnej pracowników tylko wtedy, gdy poniósł te wydatki w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów.

Jak zatem wygląda stanowisko organów podatkowych wobec finansowania pakietów medycznych przez pracodawcę? Za pakiet medyczny uznaje się wykupienie przez pracodawcę abonamentu pracowniczego w prywatnej przychodni/klinice. Zgodnie z najnowszą interpretacją fiskusa, uznaje się, że możliwość skorzystania przez pracownika ze świadczeń medycznych powoduje powstanie przychodu podlegającego opodatkowaniu PIT. Potwierdza to m.in. interpretacja Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego z dnia 02.04.2007, w której uznano, iż:

„Nieodpłatnym świadczeniem Spółki na rzecz jej pracowników w tym przypadku nie jest korzystanie przez tych pracowników z konkretnych usług medycznych, lecz fakt objęcia pracowników opieką medyczną. W związku z tym, przychodem nie będzie wartość rzeczywiście skonsumowanych usług medycznych, lecz wartość świadczenia uzyskiwanego przez pracownika jakim jest możliwość skorzystania z takich usług. Należy zauważyć, iż usługa objęcia opieką medyczną finansowana pracownikom przez Spółkę jest powszechna na polskim rynku i odpłatność z jej tytułu wynika z faktu objęcia opieką medyczną, a nie z faktu korzystania z konkretnych świadczeń [...]."

Zgodnie z powyższym, zmuszeni jesteśmy uznać, że u pracowników, korzystających ze świadczeń medycznych, powstaje przychód ze stosunku pracy w postaci świadczenia w naturze, a na mocy art. 11 ust. 2a pkt 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, wartość pieniężną świadczeń, jeżeli przedmiotem świadczeń są usługi zakupione, ustala się według cen zakupu (w naszym wypadku wg ceny wykupienia abonamentu). Znamiennym jest, że dla organów podatkowych nie ma znaczenia, czy pracownik skorzysta ze świadczeń medycznych w ogóle. Wartością nieodpłatnego świadczenia jest wysokość zryczałtowanej opłaty przypadającej na pracownika. Wartość ta jest przychodem pracownika podlegającym PIT.