Kontrole fiskusa u przedsiębiorców skupiają się głównie na dokumentacji. Istotna dla urzędników będzie poprawność prowadzonej ewidencji, a także dokumenty, na podstawie których jest prowadzona.

Podatnik prowadzący działalność gospodarczą musi we właściwy sposób ją ewidencjonować. Najpopularniejszą formą ewidencji w małych firmach jest podatkowa księga przychodów i rozchodów. Jednak poza prawidłowym wypełnianiem samej księgi dla kontrolującego fiskusa istotna będzie także poprawność dokumentów, na podstawie których księga podatkowa jest prowadzona. Chodzi tu np. o faktury, dowody sporządzane przez przedsiębiorcę czy rachunki.

Podatnik prowadzący podatkową księgę przychodów i rozchodów musi postarać się, by była ona rzetelna i bez wad. Za niewadliwą uważa się księgę prowadzoną zgodnie z przepisami rozporządzenia i objaśnieniami do wzoru księgi. Natomiast za rzetelną uważa się księgę, gdy dokonywane w niej zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty.

Przepisy dopuszczają jednak popełnienie przez przedsiębiorców pewnych pomyłek, które nie powodują, że księga staje się nierzetelna.
Księgę uznaje się za rzetelną również, gdy:
- niewpisane lub błędnie wpisane kwoty przychodu nie przekraczają łącznie 0,5 proc. przychodu wykazanego w księdze za dany rok podatkowy lub przychodu wykazanego w roku podatkowym do dnia, w którym naczelnik urzędu skarbowego lub organ kontroli skarbowej stwierdził te błędy, lub
- brak właściwych zapisów jest związany z nieszczęśliwym wypadkiem lub zdarzeniem losowym, które uniemożliwiło podatnikowi prowadzenie księgi, lub
- błędy spowodowały podwyższenie kwoty podstawy opodatkowania, z wyjątkiem błędów polegających na niewykazaniu lub zaniżeniu kosztów zakupu materiałów podstawowych, towarów handlowych oraz kosztów robocizny, lub
- podatnik uzupełnił zapisy lub dokonał korekty błędnych zapisów w księdze przed rozpoczęciem kontroli przez naczelnika urzędu skarbowego lub przez organ kontroli skarbowej, lub
- błędne zapisy są skutkiem oczywistej pomyłki, a podatnik posiada dowody księgowe odpowiadające warunkom ustawowym.

Jeśli do przedsiębiorcy zawita kontrola z urzędu skarbowego, powinien być on przygotowany na to, że urzędnicy sprawdzający ewidencje podatnika najdokładniej przejrzą dokumentację związaną z wydatkami, które zostały zaliczone do kosztów uzyskania przychodów.

Nic w tym dziwnego. To właśnie wydatki, które zaliczane są do kosztów podatkowych, wpływają na wysokość zobowiązania podatkowego przedsiębiorcy. Każdy zakwestionowany koszt spowoduje wzrost podatku do zapłaty. Sposób dokumentowania kosztów dla podatników prowadzących książkę przychodów i rozchodów jest precyzyjnie określony w przepisach. Podstawą zapisów w księdze są dowody księgowe, którymi są m.in.:
- faktury VAT, w szczególności faktury VAT marża, faktury VAT RR, faktury VAT MP, dokumenty celne, rachunki oraz faktury korygujące i noty korygujące lub
- inne dowody, stwierdzające fakt dokonania operacji gospodarczej zgodnie z jej rzeczywistym przebiegiem oznaczone numerem lub w inny sposób umożliwiający powiązanie.