Przedsiębiorcy zatrudniający osoby niepełnosprawne mogą spodziewać się kontroli ze strony PFRON i pełnomocnika rządu do spraw osób niepełnosprawnych. Kontrole będą dotyczyć m.in. refundacji składek na ubezpieczenie społeczne i dofinansowania do wynagrodzeń niepełnosprawnych.

Do tej pory kontrolerzy nie dysponowali takimi uprawnieniami. Nową procedurę kontrolną określa obowiązujące od 12 kwietnia rozporządzenie ministra pracy i polityki społecznej z 14 marca 2008 r. o przeprowadzaniu kontroli przez organy upoważnione do kontroli na podstawie ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych.

Kontrola jest przeprowadza na podstawie pisemnego upoważnienia, np. prezesa PFRON. Takie upoważnienie musi określać zakres kontroli oraz termin jej rozpoczęcia, ale nie musi zawierać terminu jej zakończenia. Będzie istniała także możliwość zmiany zakresu kontroli w trakcie jej trwania, co może wydłużyć czas kontroli.

Kontrolerzy, w uzasadnionych przypadkach, mogą wejść do firmy poza godzinami pracy lub w dni wolne, czyli, teoretycznie, przedsiębiorcy mogą spodziewać się kontroli nawet w niedzielę.
Właściciel firmy jest zobowiązany zapewnić kontrolerom warunki niezbędne do sprawnego przeprowadzenia kontroli. W rezultacie to na pracownikach będzie spoczywał obowiązek kopiowania dokumentów i plików, których zażądają urzędnicy. Przedsiębiorca musi ponadto zapewnić wysłannikom PFRON oddzielny pokój oraz telefon. Te ostatnie wymagania mogą stanowić problem dla wielu firm, szczególnie małych, ponieważ nie zawsze będą one dysponowały wolnym pomieszczeniem.

Wyniki przeprowadzonej kontroli są przedstawione w protokole kontroli. Przedsiębiorca, który nie zgadza się z ustaleniami znajdującymi się w protokole, nie ma możliwości zaskarżenia tego dokumentu. Jedyną możliwością, jaką mają przedsiębiorcy, jest wniesienie zastrzeżeń do treści protokołu, ale kontrolerzy nie mają obowiązku ich uwzględnienia.