Przepis art. 82 cyt. ustawy wyraźnie stanowi, iż nie można równocześnie prowadzić więcej niż jednej kontroli działalności przedsiębiorcy. Oczywiście ustawodawca wprowadza szereg wyłączeń, dyktowanych pewnymi szczególnymi okolicznościami. Należą do nich między innymi takie sytuacje, jak niezbędność kontroli dla prowadzonego przeciwko przedsiębiorcy śledztwa lub dochodzenia, konieczność wyeliminowania zagrożenia życia, zdrowia lub środowiska naturalnego, zasadność dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu bądź też dopuszczalność prowadzenia wielu kontroli została dopuszczona na mocy odrębnych przepisów. Oczywiście jako wyjątki od generalnego zakazu powadzenia wielu kontroli, i to nakładające na przedsiębiorcę określone obowiązki, sytuacje nie mogą być interpretowane w sposób rozszerzający, ich zastosowanie może dotyczyć ściśle sytuacji określonych w przepisach.

Jeżeli u przedsiębiorcy jest już prowadzona jedna kontrola i jednocześnie inny organ kontroli zamierzałby podjąć stosowne działania, to wówczas organ kontroli jest zobowiązany do odstąpienia od podjęcia czynności kontrolnych. W takiej sytuacji winien on ustalić z przedsiębiorcą termin przeprowadzenia kontroli w sposób niekolidujący z innymi działaniami kontrolnymi.