Wydatek faktycznie ponie­siony jest to wydatek poniesiony w znaczeniu księgowym, tj. jako rozchód środ­ków pieniężnych z kasy lub rachunku bankowe­go beneficjenta.

Może to być np. opłacona faktura ale również inny dokument księgowy o równoważnej wartości dowodowej wraz z wyciągiem bankowym potwierdzającym poniesienie wydatku. Wyjątkami są natomiast wkłady niepieniężne, amortyzacja czy wkład w postaci dodatków albo wynagrodzeń wypłacanych przez stronę trzecią. Zasady ich dokumentowania określa Instytucja Zarządzająca Programem Operacyjnym.