Według przepisów obowiązujących od 1 stycznia 2009 roku, przedsiębiorca ma siedem dni, aby przygotować się na kontrolę podatkową. Organy podatkowe mają obowiązek nas o tym zawiadomić.
Kontrolę można przeprowadzić nie wcześniej niż po upływie siedmiu dni i nie później niż po upływie 30 dni od daty doręczenia zawiadomienia. W pewnych przypadkach, takich jak m.in. kontrola na żądanie organów prowadzących postępowanie o przestępstwa, zasadność zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego, przychody nie mające pokrycia w ujawnionych źródłach, zawiadomienie o wszczęciu kontroli wówczas nie jest konieczne.
Kontrola może być przeprowadzona w siedzibie kontrolowanego, w innym miejscu przechowywania dokumentacji, w miejscach związanych z prowadzoną działalnością lub w siedzibie organu podatkowego.
Przebieg kontroli dokumentuje się w protokole, na który składają się dwa jednobrzmiące egzemplarze. Jeśli kontrolowany nie zgadza się się z ustaleniami protokołu, może w ciągu 14 dni zgłosić zastrzeżenia i przedstawić stosowne dowody.
W przypadku ujawnienia nieprawidłowości podatnik musi informować o każdej zmianie swojego adresu dokonanej w przeciągu 6 miesięcy od zakończenia kontroli (w przeciwnym wypadku postanowienie o wszczęciu postępowania uznaje się za doręczone pod adresem, pod który doręczano protokół).
