Przedsiębiorca, który skorzystał z ulgi podatkowej musi przechowywać dokumenty potwierdzające dokonanie odliczeń do czasu przedawnienia się zobowiązania podatkowego.

Przedsiębiorcy prowadzący księgi podatkowe powinni je przechowywać przez pięć lat, licząc od końca roku kalendarzowego w którym upłynął termin płatności podatku. Tak samo należy postąpić z dokumentami związanymi z prowadzeniem ksiąg podatkowych, do których, zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej, zalicza się księgi rachunkowe, podatkowe księgi przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry.

W przypadku podatników VAT wymagane jest przechowywanie oryginałów oraz kopii faktur, jak również faktur korygujących i ich duplikatów do momentu przedawnienia się zobowiązania podatkowego. Obowiązek gromadzenia dokumentów obejmuje również osoby rozliczające się na zasadach ogólnych - muszą one przechpwywać kserokopie zeznań rocznych oraz dokumenty potwierdzające wydatki, które zostały odliczone w ramach ulg podatkowych lub zakwalifikowane jako koszty uzyskania przychodu.

Z obowiązku przechowywania ksiąg podatkowych do czasu przedawnienia się zobowiązania podatkowego wynika również obowiązek przedsiębiorców zamykających swoją działalnośc do powiadomienia właściwego organu podatkowego o miejscu przechwowywania ksiąg podatkowych. Przedsiębiorca musi przekazać tę informację nie później niż ostatniego dnia istnienia firmy.

W sytuacji, gdy podatnik nie wypełni tego obowiązku, grozi mu kara grzywny wynosząca do 240 stawek dziennych, obliczanych przez sąd z uwzględnieniem dochodów podatnika, jego warunków rodzunnych oraz stosunków majątkowych i możliwości zarobkowych.