W czasie kontroli finansowej u przedsiębiorców głównie sprawdzana będzie dokumentacja, zwłaszcza poprawność prowadzonej ewidencji, a także dokumenty które stanowią jej podstawę.

Prowadzenie działalności gospodarczej wymaga ewidencjonowania jej we właściwy sposób. Zazwyczaj w małych firmach prowadzi się księgę przychodów i rozchodów. W czasie kontroli fiskus sprawdzi prawidłowość jej wypełnienia oraz poprawność dokumentów, na podstawie których jest prowadzona, np. faktur czy rachunków.

Za niewadliwą uważa się księgę przychodów i rozchodów prowadzoną zgodnie z przepisami rozporządzenia i objaśnieniami do wzoru księgi. Natomiast żeby księga uznana była za rzetelną, powinny znajdować się w niej zapisy odzwierciadlające stan rzeczywisty. Przez przepisy dopuszczone są również pewne pomyłki, których obecność nie spowoduje uznania księgi za nierzetelną.

Jest to m.in: brak właściwych zapisów związanych z nieszczęśliwym wypadkiem lub zdarzeniem losowym, które uniemożliwiło podatnikowi prowadzenie księgi; nie wpisanie lub błędnie wpisanie kwot przychodu nie przekraczający łącznie 0,5 proc. przychodu wykazanego w księdze za dany rok podatkowy lub przychodu wykazanego w roku podatkowym do dnia, w którym naczelnik urzędu skarbowego lub organ kontroli skarbowej stwierdził te błędy; uzupełnienie zapisów lub dokonanie korekty błędnych zapisów w księdze przed rozpoczęciem kontroli przez naczelnika urzędu skarbowego lub przez organ kontroli skarbowej; błędne zapisanie będące skutkiem oczywistej pomyłki, w momencie gdy podatnik posiada dowody księgowe odpowiadające warunkom ustawowym; podwyższenie kwoty podstawy opodatkowania przez błędy, z wyjątkiem błędów polegających na nie wykazaniu lub zaniżeniu kosztów zakupu materiałów podstawowych, towarów handlowych oraz kosztów robocizny.

Najdokładniej zostanie sprawdzona prawdopodobnie dokumentacja związana z wydatkami, które zostały zaliczone do kosztów uzyskania przychodów. Jest to spowodowane faktem, że wydatki te wpływają na wysokość zobowiązania podatkowego przedsiębiorcy. Każdy zakwestionowany koszt spowoduje wzrost podatku do zapłaty. Przepisy precyzyjnie określają sposób dokumentowania kosztów dla podatników prowadzących książkę przychodów i rozchodów. Nie prowadzenie księgi podlega karze grzywny do 240 stawek dziennych. Nierzetelne jej prowadzenie jest również karane grzywną do 240 stawek dziennych. Rozpiętość stawki dziennej w 2008 roku wynosi od 37,53 zł do 15 012 zł.